|
Syanobakteerikukintoja tullaan tutkimaan mikrobiyhteisöinä, jotka sisältävät monia eri eliöitä. Vaikka tiedetään, että kukinnat sisältävät syanobakteerien lisäksi monia mikro-organismeja, niiden vuorovaikutuksista, synergistisistä tai antagonistisista, ei tiedetä juuuri mitään. Hakemuksessa tätä kysymystä lähestytään tutkimalla sellaisten funktionaalisten geenien, jotka ovat avainasemassa metabolisissa reaktioissa kukinnan aikana, diversiteettiä ja ilmentymistä. Kehittämällä menetelmiä geenien ilmentymisen seuraamiseen projekti pyrkii ymmärtämään mikrobiyhteisön dynamiikkaa ja myös tarjoamaan keinoja haitallisten syanobakteerien kukintojen torjuntaan. Kokeellisen työn tavoitteena on 1) tutkia sellaisten funktionaalisten geenien ilmentymistä, jotka ovat avainasemassa metabolisessa toiminnassa. 2) selvittää metabolisesti aktiivisten eliöiden ja valittujen metaboliageenien geneettinen diversiteetti sekä luonnonnäytteistä että puhdasviljelmistä. 3) seurata metaboliageenien kvantita tiivista ilmentymistä käyttäen real-time PCR -tekniikkaa kasvatuskokeiden näytteille. 4) valita sopivat geenisekvenssit DNA-siruihin. Työssä käytetään RNA:han perustuvia menetelmiä. Kokonais-RNA eristetään kukintanäytteistä, käänteiskopioidaan cDNA:ksi ja käytetään valittujen geenien PCR-monistamiseen. Luonnonnäytteistä saatavien sekalaisten geenituotteiden erottelemiseen käytetään DGGE-menetelmää (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). DGGE-geeleistä eristetään voimakkaat DNA-juovat sekvensointia varten. Ottamalla näytteitä kukinnan eri vaiheista (ennen, kuluessa ja loppuvaiheessa kukintaa) voidaan seurata muutoksia eri eliöiden geenien ilmentymisessä. Suunniteltavassa DNA-sirun mallikappaleessa luonnonnäytteen kokonais-RNA hybridisoidaan oligonuleotide arrayn kanssa, mikä mahdollistaa geenien ilmentymisen kvantitatiivisen mittaamisen.
Vastaava tutkija
Haukka Kaisa, Helsingin yliopisto, Soveltavan kemian ja mikrobiologian laitos Hankkeen kesto 2000 -
Asiasanat
geenien ilmentyminen, mRNA, metaboliageenit, geneettinen diversiteetti, DGGE, syanobakteerikukinnat
Hankkeen vaihe: päättynyt
HUOM! Tämä tutkimushankekuvaus on tuotettu Hankehaaviin Helsingin yliopiston TUHTI-tutkimustietojärjestelmästä, jota ei enää ylläpidetä. Tarkista ajantaiset tutkimushanketiedot Helsingin yliopiston TUHAT-järjestelmästä.
|
HELSINGIN YLIOPISTO