YK:n elintarvike- ja maatalousjärjestö FAO suosittelee mikrosatelliitti-DNA-merkkien tyypittämistä, kun analysoidaan kotieläinlajien geneettistä monimuotoisuutta ja määritetään lajin eri rotujen geneettistä suojeluarvoa lajin monimuotoisuuden ylläpitämiseksi. Ideaalitilanteessa eri laboratorioissa on tyypitetty samat FAO:n suosittelemat mikrosatelliitit eri roduista, jolloin erilliset aineistot voidaan yhdistää lopulta yhdeksi suureksi meta-aineistoksi lajin geneettisen diversiteetin ja domestikaatiohistorian tutkimiseksi. FAO suosittelee 30 autosomaalisen mikrosatelliitin tyypittämistä nautaroduista ja 31 autosomaalisen mikrosatelliitin tyypittämistä lammasroduista. MTT:ssä on tyypitetty kaikki FAO:n suosittelemat mikrosatelliitit itä-, länsi- ja pohjoissuomenkarjasta, suomenayrshirestä ja suomenholstein-friisiläisestä. Suomenlampaasta, kainuunharmaksesta ja ahvenanmaanlampaasta on analysoitu 28 autosomaalista mikrosatelliittia, joista 11 on FAO:n suosituslistalla. MTT:ssä on tehty kattavat analyysit myös monista muista euraasialaisista lammas- ja nautaroduista. Tavoitteena on yhdistää MTT:n lammas- ja nauta-aineistot kansainvälisiin aineistoihin EU:n GLOBALDIV-hankkeen puitteissa. Aineistojen yhdistäminen on mahdollista uudella geneettisen etäisyyden algoritmilla, jossa lasketaan parittaiset rotujen väliset geneettiset etäisyydet yksittäisille mikrosatelliiteille ja lopuksi yhdistetään yksittäiset geneettiset etäisyydet yhdeksi rotujen välistä geneettistä eroa kuvaavaksi tunnusluvuksi. Tätä tunnuslukua sekä rotujen sisäisen geneettisen variaation mittaria, so. heteotsygotia-aste ja alleelien lukumäärä, tarvitaan rodun geneettisen suojeluarvon määrittämiseksi. Ne rodut, jotka ovat geneettisesti eriytyneet ja osoittavat laajaa rodun sisäistä geneettistä variaatiota, ovat suojeluarvoltaan merkittävimpiä lajitason monimutoisuuden ylläpitämiseksi. GLOBALDIV-hanke on saanut rahoituksen EU:n AGRI GEN RES -ohjelmasta vuosille 2007-2010. Hanketta koordinoi professori Paolo Ajmone Marsan (Università Cattolica del Sacro Cuore, Piacenza, ITALY). GLOBALDIV:n tavoitteena on selvittää, ovatko nykyiset eri kotieläinlajien rotuaineistot maantieteellisesti kattavia ja mitä FAO:n suosittelemia mikrosatelliitteja on tyypitetty julkaisutuissa tutkimuksissa. GLOBALDIV:ssä niin ikään yhdistetään olemassa olevat aineistot geneettisen diversiteetin meta-analyysin mahdollistamiseksi. Juha Kantanen osallistuu GLOBALDIV-hankkeeseen. Hankkeessa järjestetään työryhmäkokouksia ja työpajoja. GLOBALDIV-hankkeen lisäksi MTT:n kattavaa lammas- ja nautarotujen DNA-pankkia on hyödynnetty muissa kansainvälisissä tutkimuksissa. Tähän mennessä tutkimusnäytteitä on tarvittu lampaan genomin retrovirusten integraatiotutkimukseen, lampaan lämpöshokkiproteiinigeenin polymorfioiden tutkimiseen ja naudan Y-kromosomitutkimuksiin.
Vastaava tutkija
Kantanen Juha Hankkeen kesto 2006 - 2011
Asiasanat
lammas, mikrosatelliitti, mitokondrio-DNA, nauta, geenivarat, geneettinen vaihtelu
Hankkeen vaihe: Päättynyt
HUOM! Tämä tutkimushankekuvaus on tuotettu Hankehaaviin Maa- ja elintarviketalouden tutkimuskeskuksen tutkimustietojärjestelmästä, jota ei enää ylläpidetä. Tarkista ajantaiset tutkimushanketiedot Luonnonvarakeskus Luken järjestelmästä.
|