Viime vuosina on tapahtunut ennennäkemätön DNA-teknologian läpimurto eläinjalostuksessa: koko genomin kattava SNP-merkkityypitys (Single Nucleotide Polymorphism) ja siihen liittyvä genominen valinta on tullut mahdolliseksi kaupallisten SNP-sirujen myötä. Illumina Inc. on kehittänyt yhteistyössä kansainvälisen tiedekonsortion kanssa SNP sirun (Illumina PorcineSNP60 Genotyping BeadChip) sian genomin kartoitukseen. Sirun avulla voidaan samanaikaisesti määrittää noin 60,000 SNP genotyyppiä. SNPt on valittu siten, että ne ovat mahdollisimman informatiivisia eurooppalaisille sikaroduille ja ne sijaitsevat tasaisin välein kattaen koko sian genomin. Genomissa valinnassa joukko eläimiä (yleensä keinosiemennyskarjuja) genotyypitetään SNP-sirun avulla. Tästä saatu genotyyppitieto yhdistetään eläimelle lasketun jalostusarvon kanssa ja muodostetaan malliyhtälö, jota käyttäen jopa vastasyntyneelle porsaasta voidaan ennustaa sen perinnöllinen kyky tuottaa laadukasta lihaa tai sen pahnuetuotosominaisuuksia pelkästään genomitiedon perusteella. Genomisen tiedon käyttö sikojen valinnassa mahdollistaa tehokkaamman valinnan ominaisuuksissa, joiden mittaaminen on kallista tai sitä ei voida mitata elävästä eläimestä (esim. lihan laatuominaisuudet), jotka voidaan mitata vain toisesta sukupuolesta (pahnuekoko), tai joiden periytymisaste on alhainen esim. eläinten terveys- ja lisääntymisominaisuudet. SikaSNiP-hankkeen tarkoituksena on käynnistää sikojen terveys-, lihanlaatu-, lisääntymis- ja rehunkäyttöominaisuuksiin kohdistuva genomiikkatutkimus. Pidemmällä tähtäimellä tuloksia on mahdollista hyödyntää sikojen valintaohjelmassa. Ensimmäisessä vaiheessa tavoitteena on sikojen SNP-genotyyppitietokannan perustaminen, ja ko. tietojen käyttö sianlihan laatuominaisuuksien parantamiseen sianjalostusohjelmassa. Lihan korkea tekninen laatu teurastuksen jälkeen mm. lihan pH ja lihan väri takaa lihassa olevien arvokkaiden aineisosien säilyvyyden ja lihasta valmistetun lopputuotteen (paloiteltu liha tai jalostettu lihavalmiste) mahdollisimman korkean teknisen ja ravitsemuksellisen laadun ja sitä kautta edistää ihmisten terveyttä ja hyvinvointia. Hanke tehdään yhteistyössä nyt käynnistyvän naudan genomiikka-hankkeen kanssa.
Vastaava tutkija
Uimari Pekka Hankkeen kesto 2009 - 2011
Asiasanat
genominen valinta , Single Nucleotide Polymorphism, Sika, SNP, Lihan laatu
Hankkeen vaihe: Päättynyt
HUOM! Tämä tutkimushankekuvaus on tuotettu Hankehaaviin Maa- ja elintarviketalouden tutkimuskeskuksen tutkimustietojärjestelmästä, jota ei enää ylläpidetä. Tarkista ajantaiset tutkimushanketiedot Luonnonvarakeskus Luken järjestelmästä.
|