Tässä tutkimuksessa haluamme selvittää kasvitauteja aiheuttavien bakteereiden taudinaiheutusstrategioihin liittyviä yhtäläisyyksiä ja eroavaisuuksia. Tähän tarkoitukseen on valittu kaksi kasvipatogeenia bakteerilajia Pseudomonas syringae ja Clavibacter michiganensis, jotka lisääntyvät parhaiten elävässä kasvisolukossa, sekä Erwinia carotovora-bakteeri, joka lisääntyy parhaiten kuolleessa kasvisolukossa. Nämä kasvitaudit ovat taloudellisesti merkittäviä joko Suomessa tai muualla maailmassa. Näiden bakteerilajien kokogenomisekvenssit on myös selvitetty, mikä on tämän tutkimuksen peruslähtökohta. Näiden bakteerien tuottamat erittyneitä tai soluseinään kiinnittyneitä proteiineja analysoidaan ja vertaillaan kaksidimensionaalisen geelielektroforeesin avulla (2DE). Erilaisista olosuhteista mainittakoon esimerkiksi olosuhteet, jotka matkivat kasvissa olevia olosuhteita ja joissa tiedetään tuotettavan patogeenisuuteen tarvittavia proteiineja. Näitä proteiineja verrataan proteiineihin, jotka on tuotettu rikkaalla alustalla. Tämän jälkeen mielenkiintoiset proteiinit tunnistetaan käyttäen massaspektrometriaa. Vertailemalla eri olosuhteissa saatuja proteiineja on mahdollista tunnistaa sellaiset, jotka kuuluvat vain tietyn taudinaiheutusstrategian piiriin ja toisaalta sellaisia, jotka ovat yhteisiä erilaisille taudinaiheutusstrategioille. Tutkimuksessa toivomme löytävämme myös aivan uusia vielä tuntemattomia taudinaiheutuksessa tarvittavia proteiineja. Mielenkiintoisimpien proteiinien toimintaa taudinaiheutuksessa tutkitaan myös hiljentämällä ko. proteiinia tuottava geeni ja tutkimalla tämän jälkeen sen vaikutusta taudinaiheutukseen.
Vastaava tutkija
Pirhonen Minna, Helsingin yliopisto, Soveltavan biologian laitos Yhteistyötahot
Biotekniikan instituutti, Proteiinikemian yksikkö
Hankkeen kesto 2003 - 2007
Asiasanat
kasvipatogeeni, bakteeri, taudinaiheutuskyky, proteiini, eritys, proteomiikka, mutageneesi
Hankkeen vaihe: päättynyt
HUOM! Tämä tutkimushankekuvaus on tuotettu Hankehaaviin Helsingin yliopiston TUHTI-tutkimustietojärjestelmästä, jota ei enää ylläpidetä. Tarkista ajantaiset tutkimushanketiedot Helsingin yliopiston TUHAT-järjestelmästä.
|